В институте более 35 лет работали диссертационные советы по защите докторских и кандидатских диссертаций. В настоящее время сотрудники института и соискатели из других научных и учебных учреждений, предприятий и организаций имеют возможность защитить диссертации на соискание ученых степеней доктора и кандидата сельскохозяйственных наук по специальностям: 06.01.01 – «Общее земледелие», 06.01.04 – «Агрохимия», 06.01.05 – «Селекция и семеноводство» и 06.01.09 - «Растениеводство» в докторском совете, утвержденном ВАК России 01 декабря 2000 года.
Всего с 2001 года подготовлены и защищены 71 диссертация, из них 22 докторская работа и 49 кандидатских. Сотрудники института защитили 14 диссертационных работ.Для рассмотрения материалов на заседании диссертационного совета соискатели должны представить подготовленную диссертацию и следующие документы:

• Заявление соискателя на имя председателя диссертационного совета профессора, академика РАСХН Войтовича Николая Васильевича с просьбой о приёме к публичной защите диссертации. Указывается название диссертации, специальность, представление впервые или повторно.
• Личный листок по учету кадров с фотокарточкой, заверенный в установленном порядке (отделом кадров по месту работы соискателя) – (2 экз.).
• Заверенная в установленном порядке копия документа о высшем профессиональном образовании для соискателя ученой степени кандидата наук (2 экз.), заверенная копия диплома кандидата наук для соискателя учёной степени доктора наук (2 экз.).
• Удостоверение о сдаче кандидатских экзаменов для соискателя ученой степени кандидата наук (2 экз.).
• Диссертация в количестве экземпляров, необходимом для передачи в Российскую государственную библиотеку, Всероссийский научно-технический информационный центр Миннауки России (не переплетённый экз.), библиотеку организации, в которой создан диссертационный совет, оппонентам и ведущей организации.
• Рукопись автореферата на бумажном и электронном носителях.
• Заключение организации, где выполнялась диссертация или к которой был прикреплен соискатель (1 экз.). Заключение оформляется в виде выписки из протокола заседания кафедры (лаборатории, сектора или отдела), утверждается руководителем организации и заверяется печатью организации.
• Отзыв научного руководителя (консультанта) о диссертации (1 экз.).
• Список научных трудов соискателя (1 экз.).
• Четыре почтовые карточки с марками с указанием адреса соискателя (на двух карточках) и совета, где защищается диссертация (на двух карточках).