Подготовка научных кадров в институте ведется уже около 70 лет. Официальное оформление статуса учреждения, имеющего право на послевузовскую педагогическую деятельность, состоялось в 1962 году. Ученые института вели большую научно-педагогическую деятельность и оказывали существенную помощь в подготовке научных кадров для разных регионов России и республик бывшего СССР.

В настоящее время обучение в аспирантуре осуществляется по направлению подготовки 35.06.01 «Сельское хозяйство» по специальностям 06.01.05 – «Селекция и семеноводство сельскохозяйственных растений», 06.01.01 – «Общее земледелие, растениеводство», 06.01.04 – «Агрохимия» и по направлению подготовки 06.06.01 «Биологические науки» по специальности 03.02.07 – «Генетика». Подготовкой научных кадров заняты академики Российской академии наук (РАН) Гончаренко А.А., Сандухадзе Б.И., Войтович Н.В., член-корреспондент РАН Медведев А.М., доктора наук Лапочкина И.Ф., Дебелый Г.А., Давыдова Н.В., Политыко П.М., Гафуров Р.М., Благовещенский Г.В., Кирдин В.Ф., Конончук В.В. и другие.

С 2015 года обучение в аспирантуре осуществляется по программам, разработанным в соответствии с Федеральным государственным образовательным стандартом высшего образования, утвержденным приказом Министерства образования и науки Российской Федерации от 18 августа 2014 г. № 1017.

Обучение в аспирантуре дает возможность овладеть методологией теоретических и экспериментальных исследований в области селекции и генетики сельскохозяйственных культур, агрономии, защиты растений, агрохимии, овладеть культурой научного исследования в этих областях знаний.